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详解CPM定量方式欢迎关注”生信修炼手册”!在edgeR中,提供了一种名为CPM的定量方式,全称为count-per-millon。假定原始的表达量矩阵为count, 计算C...
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具欢迎关注"生信修炼手册"!对于基因组组装而言,kmer count是最基础的分析内容之一,传统的kmer count工具在kmer长度小于32时,...
phyml:基于最大似然法构建进化树欢迎关注”生信修炼手册”!phyml 是基于最大似然法原理构建系统发生树的软件,官网如下Input Data输入文件为多序列比对的结果,支持以下两种格式phyl...
融合基因数据库大全欢迎关注”生信修炼手册”!在进行融合基因的分析时,我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的,对应的疾病等信息,借助已有的融合基因的数据库可以实现,常用的数据库有以下几个1....
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件欢迎关注”生信修炼手册”!HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软...
GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台欢迎关注”生信修炼手册”!GEPIA整合了来自TCGA和GTEx项目中的基因表达谱数据,提供了多种数据分析和可视化功能,操作简单,方便广大科研人员对肿瘤...
用R语言进行KM生存分析欢迎关注”生信修炼手册”!R是数据分析常用的软件之一,通过各种功能强大的R包,可以简单方便的实现各种分析。在R语言中,能够进行生存分析的R包很多,survival和survmi...
WES的CNV分析简介欢迎关注”生信修炼手册”!基于全基因组数据来检测CNV是非常有效的一个手段,然而全基因组的成本还是挺高的。全外显子组在检测SNP方面已经比较成熟,考虑到外显子上的变异可能更具有致...
aCGH芯片分析简介欢迎关注”生信修炼手册”!aCGH芯片是一种双色芯片,通过红绿两种荧光的比值,通常称之为log2 ratio, 来反应测试样本相对对照样本的DNA拷贝数变化。aCGH芯片的分析,通...